1、亚马逊河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔的密斯米雪山的一条小溪，距离的的喀喀湖约米，距利马约米，密斯米雪山作为源头是在第一次认定，后来更精确的源头位置又在、和被多次重新确定。溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克河，阿普里马克河汇入乌卡亚利河，乌卡亚利河再与马拉尼翁河汇合成亚马逊河主干流。
2、从马拉尼翁河的支流瓦利亚加河以下，河流就从安第斯山区进入冲积平原，从这里到秘鲁和巴西交界的雅瓦里河，大约有米的距离，河岸低矮，两岸森林经常被水淹没，只是偶尔有几个小山包，亚马逊河已经进入了亚马逊热带雨林中了。
3、由于亚马逊河的流量巨大，所以距河口米内的海水都不咸，海水含盐量相当低，主河道有米宽，从河口向内河有米的航道，海船可以直接到达秘鲁的伊基托斯